เมื่อวันที่ 10 ต.ค. ศ.นพ.ประสิทธิ์ วัฒนาภา ผู้อำนวยการโรงพยาบาลศิริราช คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล ของพระพรหมมังคลาจารย์ หรือหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ ที่ห้องประชุมสื่อมวลชน ตึกอำนวยการ ว่า ทางโรงพยาบาลศิริราชได้รับหลวงพ่อปัญญาเข้ามาเป็นผู้ป่วยเมื่อเวลา 13.00 น.ของวันที่ 1 ต.ค. ขณะมีอาการหน้ามืด วูบ เหนื่อยและแน่นหน้าอก โดยรักษาตัวอยู่ที่วอร์ด 54 ปี ชั้น 5

คณะแพทย์วินิจฉัยว่า เป็นเพราะกล้ามเนื้อหัวใจขาดเลือด เนื่องจากหลอดเลือดหัวใจตีบ ซึ่งก่อนหน้านี้หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุเคยมีอาการมาแล้วและได้รับการผ่าตัดเพื่อขยายหลอดเลือด แต่ก็มีอาการกำเริบ จากนั้นทางทีมแพทย์ของศิริราชจึงตรวจยืนยันอีกครั้งด้วยการฉีดสีและพบว่าตีบจริง

ต่อมาในวันที่ 5 ต.ค. คณะแพทย์จึงผ่าตัดอีกครั้ง ผลเป็นไปด้วยความเรียบร้อย และนำไปดูอาการ 1 คืนในห้องไอซียู จากนั้นย้ายหลวงพ่อกลับไปที่วอร์ด 84 ปี แต่เมื่อย้ายกลับไปพบอาการไอ มีเสมหะ โดยที่ไม่ไข้ จึงนำเข้าไอซียู เมื่อเอกซเรย์พบปอดติดเชื้อ การทำงานของไตแย่ลง ทั้งนี้ โดยปกติ การทำงานของไตของหลวงพ่อน้อยกว่าคนปกติอยู่แล้ว ต่อมามีอาการไตวายเฉียบพลันและปอดติดเชื้อ

กระทั่ง เมื่อคืนวันที่ 9 ต.ค. หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุมีอาการหัวใจวายและหยุดหายใจ 1 ครั้ง แพทย์ปั๊มหายใจช่วยชีวิตไว้ได้ จนในช่วงเช้าวันที่ 10 ต.ค.หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุมีอาการทรุดหนักและและมรณภาพในที่สุด
คณะแพทย์วินิจฉัยสาเหตุของการเสียชีวิตว่ามาจากอาการปอดอักเสบ และไตวายเฉียบพลัน

พระเทพปริยัติเมธี ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดชลประทานรังสฤษฎ์ กล่าวว่า ขณะนี้ทางวัดได้เร่งเตรียมการจัดสถานที่รับศพและศิษยานุศิษย์ที่จะมาร่วมงาน โดยได้รับบัญชาจากสมเด็จเจ้าคุณ วัดสระเกศ จะมีพิธีรดน้ำหลวงสรงน้ำอาบศพ ในวันศุกร์ที่ 12 ต.ค.นี้ เวลา 17.00 น. ทางวัดอาจเปิดให้ประชาชนเข้าร่วมงานได้ตั้งแต่เวลาประมาณ 09.00 น.ในวันดังกล่าว